ミッションモードでは、ミッションの内容がランダムで決まるものもあります。
その中で、とくに面倒なのが1000体撃破ではないでしょうか。
このミッションを回避するには、一度ミッションを選んだ後に、プレイ開始をする前に、ミッションクリア内容を確認し、そこで1000体撃破になっていたら、×ボタンを押して一度ミッション選択画面まで戻ります。
あとは、再びミッションを選ぶところから始めることで、1000体撃破以外のものが出るまで繰り返します。
もしかしたら、そのミッションは1000体撃破固定かもしれませんので、何度やっても変化がない場合はあきらめる必要がありますが、たいていは変化するミッションと思われますので、試してみるとよいでしょう。